Eukaryotik hujayraning shakllanishi ikkinchi eng muhim (hayotning paydo bo'lishidan keyin) evolyutsiya hodisasi edi. Eukariotlar va prokaryotik organizmlar o'rtasidagi asosiy va asosiy farq yanada rivojlangan genom tizimining mavjudligidir. Hujayra yadrosining paydo bo'lishi va rivojlanishi tufayli bir hujayrali organizmlarning muntazam o'zgaruvchan yashash sharoitlariga moslashish darajasi va gen tizimiga sezilarli irsiy o'zgarishlar kiritmasdan tezda moslashish qobiliyati keskin oshdi.
Sitoplazmasi faol metabolik jarayonlar maydoni bo'lgan, genetik ma'lumotni saqlash, o'qish va takrorlash zonasidan muvaffaqiyatli ajratilgan eukaryotik hujayra keyingi biologik evolyutsiyaga qodir bo'lib chiqdi. Olimlarning fikriga ko'ra, bu davr va taqdirli evolyutsiya hodisasi 2,6 milliard yil oldin ikki geologik bosqich - arxey va proterozoy chorrahasida sodir bo'lgan.
Biologik tuzilmalarning moslashuvchanligi va barqarorligining o'sishi to'liq biologik evolyutsiyaning ajralmas shartidir. Aynan yuqori moslashish qobiliyati tufayli eukaryotik hujayra murakkab tuzilishga ega bo'lgan ko'p hujayrali organizmlarga aylana oldi. Darhaqiqat, ko'p hujayrali biologik tizimlarda bir xil genomga ega bo'lgan hujayralar o'zgaruvchan sharoitlarga moslashib, morfologik xususiyatlari va funksionalligi jihatidan butunlay boshqacha bo'lgan to'qimalarni hosil qiladi. Bu eukariotlarning buyuk evolyutsion g'alabasi bo'lib, u sayyorada juda ko'p turli xil hayot shakllarining paydo bo'lishiga va insonning o'zi evolyutsiya maydoniga kirishiga olib keldi.
Eukariot tipidagi hujayralarning tuzilishi prokariotlarga xos bo'lmagan bir qancha xarakterli xususiyatlarga ega. Eukaryotik hujayrada ko'p miqdorda genetik material (90%) mavjud bo'lib, ular xromosoma tuzilmalarida to'plangan bo'lib, ularning differentsiatsiyasi va ixtisoslashuvini ta'minlaydi. Har qanday eukaryotik hujayra alohida yadro mavjudligi bilan tavsiflanadi. Bu hujayra turining asosiy farqlovchi xususiyati. Prokariotlardan yana bir muhim farq eukaryotik hujayraning organellalari - doimiy va xilma-xil hujayra ichidagi tuzilmalardir.
Eukaryotik hujayra prokaryotik hujayra bilan solishtirganda, turli moddalarni idrok etishning ancha murakkab ko'p bosqichli tizimiga ega. Tabiatda eukaryotik tipdagi tipik universal hujayra mavjud emas. Ularning hammasiaql bovar qilmaydigan xilma-xillik bilan ajralib turadi, bu aniq evolyutsion moslashuv zarurati bilan bog'liq. Eukaryotlarning juda muhim xususiyati ularning o'ziga xos bo'linishi - barcha biokimyoviy jarayonlarning hujayra ichidagi membrana bilan ajratilgan alohida hujayra bo'linmalarida lokalizatsiyasi. Eukariotlar bir qator murakkab tuzilish komponentlariga ega. Masalan, membrana tizimi; asosiy hujayra ichidagi modda bo'lgan sitoplazmatik matritsa; hujayra organellalari eukariotlarning asosiy funksional komponentlaridir.